7月6日，新一轮暴雨再度袭来，江城一夜处处“看海”，协和医院本部也受到较大影响，院区多处大面积积水，最深处达到30公分。

面对严峻的形势，医院立即向省、市两级应急办报备，成立了临时应急指挥部，由王国斌院长担任总指挥并走访全院多处积水路段和病区，现场协调处理抢险救灾工作。对于医院各重点区域，实行行政后勤部门分片包干制，由各部门派出工作人员24小时巡视，随时防范可能出现的险情。竭力保证医院工作正常运转，把对病人就医的影响降至最低。