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协和医院自1958年开始招收研究生。当年皮肤科于光元教授招收了硕士研究生1名，继之1960年外科管汉屏教授招收硕士研究生2名，齐文泰副教授招收硕士研究生2名。1966年“文化大革命”开始后，致使该项工作中断12年，直到1978年才又恢复研究生的培养工作。自1981年开始招收博士研究生。
随着研究生教育的发展，医院设立职能部门研究生科。负责贯彻落实上级有关的研究生教育方针政策、研究生招生、教育管理、学位管理、就业、思想政治以及导师队伍选聘建设工作等等。
我院在培养研究生过程中十分注重研究生个人能力的锻炼和素质培养，其中：郭继红、褚嘉佑被国家教委、国务院学位办授予的全国优秀博士生；孙建军（博士）团中央、国家教委授予的优秀学生干部。毕业研究生受到用人单位的好评，大部分已经成为临床学科技术骨干，如：褚嘉佑博士已是中国医学科学院医学生物研究所所长、博士导师；黄从新博士已是湖北省人民医院院长、武汉大学副校长、博士导师；周俊安博士是深圳市卫生局局长等等。博士生肖红俊的学位论文荣获湖北省优秀博士论文；博士生陆华中的学位论文荣获湖北省优秀博士论文；博士生王洪田的学位论文荣获湖北省优秀博士论文；博士生梁勇学位论文荣获华中科技大学优秀博士论文。我院博士生导师王新房教授已经连续两届被国务院学位评定委员会聘请为学科评议组成员（第五、第六届）。
至今，每年在医院攻读研究生人数达千余人，随着研究生教育发展，医院招生和培养规模将进一步增大。
附表：华中科技大学同济医学院现有学位授权点情况（协和医院）
| 博士学位授权学科点 |
硕士学位授权学科点 |
| 临床医学（一级学科，代码：1002） |
临床医学（一级学科，代码：1002） |
| 内科学（二级学科，代码：100201） |
内科学（二级学科，代码：100201） |
| 儿科学（二级学科，代码：100202） |
儿科学（二级学科，代码：100202） |
| 老年医学（二级学科，代码：100203） |
老年医学（二级学科，代码：100203） |
| 神经病学（二级学科，代码：100204） |
神经病学（二级学科，代码：100204） |
| 精神病与精神卫生学（二级学科，代码：100205） |
精神病与精神卫生学（二级学科，代码：100205） |
| 皮肤病与性病学（二级学科，代码：100206） |
皮肤病与性病学（二级学科，代码：100206） |
| 影像医学与核医学（二级学科，代码：100207） |
影像医学与核医学（二级学科，代码：100207） |
| 临床检验诊断学（二级学科，代码：100208） |
临床检验诊断学（二级学科，代码：100208） |
| 护理学（二级学科，代码：100209） |
护理学（二级学科，代码：100209） |
| 外科学（二级学科，代码：100210） |
外科学（二级学科，代码：100210） |
| 妇产科学（二级学科，代码：100211） |
妇产科学（二级学科，代码：100211） |
| 眼科学（二级学科，代码：100212） |
眼科学（二级学科，代码：100212） |
| 耳鼻咽喉科学（二级学科，代码：100213） |
耳鼻咽喉科学（二级学科，代码：100213） |
| 肿瘤学（二级学科，代码：100214） |
肿瘤学（二级学科，代码：100214） |
| 康复医学与理疗学（二级学科，代码：100215） |
康复医学与理疗学（二级学科，代码：100215） |
| 运动医学（二级学科，代码：100216） |
运动医学（二级学科，代码：100216） |
| 麻醉学（二级学科，代码：100217） |
麻醉学（二级学科，代码：100217） |
| 急诊医学（二级学科，代码：100218） |
急诊医学（二级学科，代码：100218） |
| 临床免疫学（二级学科，代码：100220） |
临床免疫学（二级学科，代码：100220） |
| 听力与言语病理学（二级学科，代码：100221） |
听力与言语病理学（二级学科，代码：100221） |
| 中西医结合（一级学科，代码：1006） |
中西医结合（一级学科，代码：1006） |
| 中西医结合基础（二级学科，代码：100601） |
中西医结合基础（二级学科，代码：100601） |
| 中西医结合临床（二级学科，代码：100602） |
中西医结合临床（二级学科，代码：100602） |
| 中西医结合药理学（二级学科，代码：100620） |
中西医结合药理学（二级学科，代码：100620） |
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口腔临床医学（二级学科，代码：100302） |
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药剂学（二级学科，代码：100702） |
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生物医学工程（一级学科，代码：0831） |
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